POZOR, SPOILER
Alice vypráví, co se stalo, jak a proč se ocitla v nemocnici v Raccoon City.
Vracíme se kousek do minulosti. Dveře do úlu v podzemí výše jmenovaného města jsou otevřeny. Je zde několik lidí ve skafandrech a měřič ukazuje zamoření. Kolona aut jede do města. Zde seberou nějakou ženu a hned po ní doktora Charlese Ashforda. Ten vede odbor genetiky a virového výzkumu. Posbíraných lidí je více a tím, že jsou odvezeni, evakuace nejvyšší priority končí. Ještě sebrali Ashordovu dceru Angelu, ale do auta, ve kterém jede, někdo tvrdě nabourá.
O třináct hodin později.
Policistka Jill Valentinová přichází na policejní stanici a střílí lidi do hlavy. Jen ty nakažené, pochopitelně. A burcuje ostatní, aby opustili město. Což se již částečně stalo. Do toho opouští Alice nemocnici. Město je zcela uzavřeno a otevřený je jen jediný most. Lidí je zde obrovská spousta. Muži s vrtulníkem se přes zákaz pokusí osvobodit obklíčenou ženu ze střechy výškové budovy. Skoro se to povede, ale žena již byla kousnuta a ví, co to znamená. Proto skáče dobrovolně dolů.
Nákaza je již i u mostu, proto je dán rozkaz o uzavření brány. Lidé mají opustit prostor. Jinak se do nich začne střílet. Ashford bez dcery nechce odejít. Jenže neví, kde je, proto spustí vyhledávání přeživších přes počítač. Mimo dcery pak objeví Alici - a pak i Valentinovou s kolegou seržantem Peytonem Wellsem a novinářkou Teri Moralesovou, ta se k nim přidala u mostu. Všichni se ukryli v kostele, kde již jeden muž je. I zde dochází k bojům a ti dva policajti již nemají střelivo. Když na ně zaútočí obludy z úlu, mají namále. Ale v poslední chvíli sem vrazí Alice na motorce. Obludy zlikviduje a chce zlikvidovat i Pentna, který je kousnutý. To zas nechce Valentinová, prý až bude třeba, ukončí to sama. Když opouští ti čtyři kostel a ocitnou se na hřbitově, zjistí, že ožívají už i staré mrtvoly. T-virus tím dosáhl svého vrcholu, proto je spuštěn program Genesis. Ten spočívá v nasazení monster. A už jsou zde a pěkně řádí.
Ashford sleduje ty čtyři na útěku a volá na venkovní telefonní přístroj. Alice to zvedne a on jí nabízí cestu z města, chce za to ale svou dceru. Nabídka je přijata. Po cestě ke škole jde Alice bojovat s monstrem a ostatní jdou pro Angelu. Seržant Peyton Wells je zastřelen Valentinovou, protože na ni zaútočil. Jeho místo zaujme černoch Lloyd Jefferson Wade, který viděl, jak monstrum postřílelo celou speciální jednotku. Ve škole se setká Wade s jedním z přeživších vojáků speciální jednotky Carlosem Oliverou . Hned poté zde končí životní dráha redaktorky. Jill nalézá Angii a do partičky přibývá voják speciální jednotky Nikolaj. Ale ne na dlouho, protože je udolán psy bez kůže. Situaci musí zachránit opět Alice. Když se pak setká s Angelou, ihned pozná, že je nakažená. Angela to na Alici pozná také. Pak objeví, že Angela má protilék. Dostala jej od otce. Vypráví, že její otec je na vozíku a jí hrozilo později totéž. Před lety sama chodila pouze o berlích. Otec chtěl, aby mohla chodit normálně a vyvinul lék. To byl začátek T-viru. Ten oživuje mrtvé buňky. Lék mu byl odebrán právě lidmi z Umbrely. Ke skupině přivádí Wade Karlose, ovšem ten je také pokousán. Přesto jej berou s sebou. Však Angie má lék.
Profesor Ashford nyní sděluje, kde bude evakuační vrtulník. Není pro ně, ale bude mít jen slabou ochranu. Tak tam tedy jedou. Mezitím Alice cestou nahrává svůj příběh s Umbrelou. U vrtulníku dochází k velké bitvě, kterou Alice s ostatními vyhrává, dostanou se dovnitř. Ale ukáže se, že jsou zde očekáváni. Alice je přinucena bojovat se samotným monstrem Nemesis. Když jej porazí, pozná, že je to Matt, který jediný s ní přežil a unikl z úlu. A proto jej odmítne dorazit. Monstrum se pak přidává k ní a začíná nový boj. To už nad městem letí střela s atomovou náloží a oni ještě nejsou ve vrtulníku. Podaří se jim odletět na poslední chvíli, ale Alice je v něm zasažena uvolněným nářadím. Následně vrtulník havaruje. U něj je nalezeno její mrtvé tělo. Ostatní zmizeli. Alice se probouzí v jakési kapalině, do jejího těla je zavedena spousta hadiček. Je vydán příkaz k purifikaci. To znamená, že je Alice z tekutiny vytažena. Ona si po chvíli vzpomene na minulost, začne se prát a uniká. Venku ji čeká snad dvacet mužů a míří na ni zbraněmi. To se tu však objevuje auto s jejími přáteli. Ti mají falešné papíry a odjíždějí s ní. U závory však strážný slyší telefon. Nadřízený mu poroučí, aby je pustil. Když odjedou, spouští program nazvaný Alice.