V roce 2011 zabil neznámý virus 99 procent světové populace. Vědec Trevor Goodchild (Marton Csocas) vyvinul lék. Pět miliónů lidí, kteří přežili, žije v Bregně, posledním městě na Zemi. Nad městem se vznáší památník na připomínku toho, co přežili. Nazývá se Relikviář. Goodchildova dynastie vládne už přes 400 let. Je to krutá vláda. Lidé mizí a ostatní musí poslouchat a mlčet. Proti této utlačovatelské vládě povstala skupina rebelů. Říkají si Monykéni.
Rok 2415.
Aeon Fluxová, mladá žena bojovnice patřící k Monykénům, dostává od jejich vůdkyně "Hybatelky" (Frances McDormand) úkol. Zničit vládní pozorovací středisko, které sleduje všechny obyvatele Bregny a zameřuje Monykény. Aeon tento úkol splní a chce jít na večeři ke své sestře Uně (Amelia Warner) a jejímu příteli Claudiovi (Nikolai Kinski). Její sestra je ale zabita vládní policií.
Po čase zadává Hybatelka Aeon nový úkol - zlikvidovat předsedu Trevora Goodchilda. Aeon si bere na pomoc svou přítelkyni Sithandru (Sophie Okonedo), která je také velmi dobrá bojovnice (Aeon ji sama učila a cvičila) a místo nohou má inplantáty lidských dlaní. Tak jdou spolu do akce. Po překonání, na pohled krásné a mírumilovné zahrady, která je plná pastí a smrtících zbraní, se rozdělí.
Ve vládní budově probíhá porada, řeší se Monykéni a jeden z vládních činitelů Giroux (Paterson Joseph) se dost pohádá s Orenem Goodchildem (Johny Lee Miller), Trevovorovým bratrem. Poté si jde Trevor nacvičit do velkého sálu svůj proslov. Tam ho najde Aeon, ale nedokáže ho zabít a je zajata. Ta však rychle z vězení unikne.
Ostatní představitelé vlády jsou znepokojeni, protože ji Trevor za to, co chtěla udělat, nechal žít. Celý atentát však tajně naplánoval Trevorův bratr Oren, který na videozáznamu zjistí, kdo vlastně Aeon doopravdy je .Ta se setkává s Claudiem a dá mu vzorek vody z Goodchildova vězení.
Aeon znepokojují vzpomínky z minulosti, které v ní probudilo setkání s Trevorem. Proto ho vyhledá a chce se od něj dozvědet ,co se to děje......také spolu skončí v posteli. Když Aeon odchází, tak čirou náhodou objeví Trevorovu knihovnu s tajnou laboratoří, kde získá podivné informace o Relikviáři a také zde najde svou fotku, zřejmě z dávné doby. Mezitím vláda, pod vedením Orena, rozhodla o Trevorově sesazení s tím, že na jeho místo nastoupí Oren.
Aeon se setkává se Sithandrou, která ji přesvědčuje, aby spolu dokončili úkol. Ona to odmítá a nastane rvačka, Aeon vyhraje, spoutá Sithandru a nechá ji v bazénku pod vodou. Ta se telepaticky spojí s Hybatelkou a řekne jí, co se stalo. Aeon je okamžitě prohlášena za vyhnance a také je povolaná nová skupina Monykénů, aby ji zabili a dokončili její úkol. Ti také vysvobodí Sithandru z jejího podvodního zajetí.
Aeon se vydává do Relikviáře, kde tuší, že dostane odpovědi na své otázky .Tam se setkává s Keeperem (Pete Postlethwaite), strážcem Relikviáře, který ji zná. Od něj se dozvídá, proč se klonují lidé, proč ženy nemůžou normálně otěhotnět a i to, že Trevor už našel lék. Jenže jeho uvedení do oběhu chce zabránit Oren.
Chvíli po Aeon je v Relikviáři také Trevor a dozvídá se, že ho Oren zradil, spojí se svou osobní asistentkou Freyou (Caroline Mackenzie). Potom najde Aeon a poví jí pravdu o DNA a o klonování. Oren nechá zabít Claudia a jeho lidé jdou po Trevorovi a Aeon. Trevor je zraněn, ale Aeon ho dokáže zachránit. Oren se mezitím ujme vlády nad městem a vyhlašuje bojovou pohotovost. Aeon s Trevorem se vrací zpět do vládní budovy pro jeho záznamy a poznámky o objeveném léku. Po cestě se Aeon dozvídá, že byli spolu s Trevorem manželé.
Frea je mrtvá a Trevorova tajná laboratoř je zničena i s jeho poznámkami a i s výsledky pokusů. Aeon je rozhodnuta zničit Relikviář, ale Oren se svými lidmi je obklíčí. Také je má na mušce Sithandra a její tým. Aeon se s ní telepaticky spojí a prosí ji o pomoc, ta souhlasí.
Začíná boj. Sithandra se svým týmem kryje Aeon a Trevora a také postřelí Orena. Trevor to také dostane. Aeon se však chopí zbraní a začne......
Celou bitvu přežili jenom Aeon a Trevor...........Oren, Sithandra a všichni ostatní jsou mrtví.
K Trevorovi přichází zbytek vlády v čele s Girouxem a slibují mu věrnost. Aeon mezitím zničí Relikviář, který narazí a udělá díru do zdi, která odděluje město od okolní přírody....
Žít jenom jednou, ale s nadějí....
Pozn. aut: Popisek vznikl za spolupráce Hortensie.