POZOR SPOILER
Jezdec v černém přiváží ke kůlu v písku nahatého chlapce. Ten zde má zahrabat vzpomínky na dětství. Jezdec je El Topo a chlapeček jeho syn Hijo.
Pak spolu projíždějí vesnicí, kde došlo k nějakému masakru. Všude samé mrtvoly a krev. Jediný přeživší chce, aby jej jezdec zastřelil.
Ten pak potkává tři lidi, které odpraví. Ten poslední mu sdělí, že to udělal plukovník, který pak odjel na misii.
Jeho lidé už tady skutečně řádí, když sem jezdec přijíždí. Dívka právě plukovníka obléká a ten s dívkou vychází ven. Právě když chce, aby se ona odhalila, vrazí sem jezdec.
Genesis
El Topo plukovníka potrestá a ten se pak zastřelí. Jezdec nechává chlapce zde a odjíždí s ním děvče. Jezdec ji dá jméno Mara. Putují spolu krajinou a v poušti ji El Topo napadne a zmlátí. Ona pak získá schopnosti jako on sám. A je to také ona, kdo mluví o čtyřech mistrech pouště, které má El Topo zabít, aby sám stal nejlepším. A tak se je vydají hledat.
Ten první je nalezen hned. Je slepý, ale rychlý. Ovšem souboj s jezdcem prohrává.
Tu se objevuje dívka v černém s mužským hlasem a tvrdí, že zná cestu ke druhému. I ten je poražen. Ne sice nějak poctivě, ale poražen.
Věštci
Třetí je mladík, který má kolem sebe spoustu králíků a stejně jako ti dva předtím filosofuje. Ten jezdce sice sejme, ale ten nějak přežije a zastřelí ho.
Nyní je zde čtvrtý, ale ten nemá zbraň. Má jen síťku na motýly a zná nějaké bojové umění. A El Topa přelstí tím, že se sám zastřelí. A El Topo pak ničí svou zbraň.
Na mostě jej pak postřelí dívka v černém. Ta pak s druhou dívčinou odjíždí a nechávají raněného El Topa u mostu. Toho pak odtáhne tlupa postižených.
Žalmy
El Topo se ocitá v jejich jeskyni. Postižení lidé jsou proto, že jsou z incestů. Z jeskyně je jediný východ směrem nahoru, kde je jejich vesnice, ale kde je nechtějí. El Topo je doveden ke stařeně, která mutanty poslala pro jeho tělo k mostu. Jezdec slibuje sehnat peníze a prokopat tunel k vesnici. Jenže tady vládne otrokářský režim, a to pěkně drsný. Vzniká tedy otázka, zda vůbec stojí za to tunel kopat. El Topo soudí, že ano.
Při druhé návštěvě města myje záchod a v místnosti, kde občané velebí Boha se hraje ruská ruleta.
Apokalypsa
Při další návštěvě města při shánění peněz vlezou El Topo a jeho malá společnice, tedy liliputka, do sklepa, kde se odehrávají orgie. I oni jsou nuceni něco předvést. A tu se objevuje nový kněz, kterému se praktiky místních vůbec nelíbí. Ukáže se, že je to Hijo. Ten míní tatíka odprásknout, ale liliputka mu řekne o tunelu a a on se rozhodne počkat. Jenže i ten tunel je jednou dokončen a El Topa čeká smrt z rukou vlastního syna. Nebo ne?
