POZOR SPOILER
Přísně tajná jednotka zvaná G.I.Joe operuje v demilitarizované zóně, odkud má zachránit zběha. Akce se podaří.
Kapitán Duke Hauser se stal velitelem taktických operací. V jeho týmu jsou Roadblock, Lady Jaye, Flint a Snake Eyes. Jak víme, jejich úhlavní nepřátelé De Junay, zvaný Destroy a doktor, který se sám pojmenoval jako Cobra Komandér byli zajati. Nyní jsou v kriminále s maximální ostrahou. Oba agenti Cobry Storm Shadow a Zartan zmizeli.
Tým G.I.Joe letí zlikvidovat jadernou hlavici. Ta se nesmí transportovat. Takže se musí zničit na místě. Místo Snaka je zde mladík s přezdívkou Mouse. Akce začíná.
Dopadne to dobře, jako vždy a všichni jsou spokojeni. Včetně presidenta USA, který jde navštívit presidenta USA. Ano, je to jen dvojník a ten pravý je zavřen někde v podzemí. Nepravý je Zardan a ten slibuje, že jednotku G.I.Joe zničí.
Následuje masívní útok a všichni u jednotky zahynou mimo tří lidí. Je to Roadblock, Lady Jaye, Flint.
Do vězení s přísnou ostrahou je přiváděn nový vězeň. Je umístěn vedle Destraoye a Komandéra. Ten, koho přivedli je Storm Shadow.
Po útoku putují ti tři přeživší pouští. Netuší, že ve vězení se odehrává nelítostný boj, po kterém Storm Shadow a Komandér unikají. Destraoy byl ponechán svému osudu.
Protože byl Storm při útěku těžce spálen, posílá ho Komandér do hor, aby se léčil. Pro něj jsou vysláni dva lidé. Snake a Jinks.
Trojka se ukrývá v tělocvičně a odhaluje spiknutí s dvojníkem presidenta. Navštíví dalšího muže, který potřebuje ještě jiné důkazy. A tak se Lady Jaye dostává až na ples k samotnému presidentovi.
Mezitím byl Storm unesen přímo z kláštera vysoko v horách.
Jay je na plese odhalena a nucena prchat.
Storm Shadow, jsa obviněn z vraždy svého mistra, vysvětluje, co a jak se tehdy událo.
Pravý president je bit. A také sem přichází Komandér s kufrem, který může zničit svět. Jenže se musí provést sken presidentova oka, aby se mohl použít, což se ihned stane. Komandér tak má v rukou strašnou zbraň.
Storm přestává být nepřítelem.
Všichni jdou k Joe Coltonovi a zde se řádně vyzbrojí. Má totiž proběhnout setkání presidentů jaderných mocností a oni se chtějí účastnit. Je to totiž Zartanova past.
Setkání probíhá a presidentův dvojník spustí jaderný útok. Ostatní nemeškají a učiní totéž. A pak je předveden projekt Zeus...
